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赤字会社と適格合併を行うと、被合併法人がもつ繰越欠損金を引き継ぐことができます。

例えば、多額の繰越欠損金のある関係会社を利益のある会社が合併しましたような場合には、利益と繰越欠損金が相殺できます。そして、従来払うべきであった税金分だけ、会社に内部留保できることになります。そして引き継いだ繰越欠損金はさらに、翌年以後にも繰り越していけます。

一方、現在は合併により含み益のある資産が移転する場合には、その含み益に対して原則として課税（時価で譲渡があったものとみなす）することになっています。

しかし、適格合併であれば、含み益に対して課税は行わずに、課税を繰り延べようということになっています。単に節税だけを目的であると認定された場合には、形式的には適格合併であっても繰越欠損金の引き継ぎが認められないこともあります。

組織再編には、税制面のみならず法律面でも専門家の手助けが必要です。

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