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税務調査が実施され、申告内容に誤りがあった場合には基本的には自主的な修正申告を促される事となります。

しかし、指摘を受けた内容が会社としては認められない内容であった場合、税務署に更正処分という行政処分をしてもらい、この処分に対して不服申立てを行います。
不服申し立てを行うためには、まず行政処分を受け、その後その行政処分に対する不服を申し立てるという流れとなります。
したがって、自主的な修正申告書を提出した場合には、自分が提出した書類に異議を唱える事は出来ませんので、「修正申告書を提出するということ」＝「不服申立ての権利を放棄すること」と言われています。

しかし、平成23年度税制改正で更生の期限が延長されたことにより、修正申告書を提出し、その内容に誤りがあった場合においても、更正の請求期限内であれば、更正の請求を行い、これに対する却下という行政処分を受けることにより、不服申立てを行うことが可能となりました。